Las confederaciones hidrográficas están concebidas por la Ley de Aguas, en su artículo 19 y siguientes, como los Organismos responsables, fundamentalmente, de la Administración Hidráulica de las cuencas intercomunitarias. El artículo 21 de la Ley de Aguas establece como funciones de los Organismos de cuenca:

• La elaboración del Plan Hidrológico de cuenca, así como su seguimiento y revisión.
• La administración y control del Dominio Público Hidráulico.
• La administración y control de los aprovechamientos de interés general o que afecten a más de una Comunidad Autónoma.
• El proyecto, la construcción y explotación de las obras realizadas con cargo a los fondos propios del Organismo y las que les sean encomendadas por el Estado.
• Las que se deriven de los convenios con comunidades autónomas, corporaciones locales y otras entidades públicas o privadas, o de los suscritos con los particulares

Coordinación, impulso y seguimiento de proyectos europeos

La CHMS trabaja actualmente en 4 proyectos Interreg V-A 2014-2020 (Programa operativo de cooperación transfronterizo España Portugal, POCTEP), y en dos de ellos actúa como jefe de filas:

• Raia Termal
• Fronteira Esquecida
• Risc Miño-Limia
• Migramiño