El INTECMAR es el instrumento oficial de la administración autonómica de Galicia para el control de la calidad del medio marino y la aplicación de las disposiciones legales en materia de control técnico-sanitario de los productos del mar, por lo que su actividad se centra en hacer el seguimiento, control e investigación de la calidad ambiental de las aguas costeras de Galicia, especialmente en lo que se refiere a las condiciones oceanográficas, fitoplancton, biotoxinas marinas, contaminación química (metales pesados, compuestos organoclorados e hidrocarburos), microbiología y patología. Para llevar adelante esta tarea, el INTECMAR desarrolla iniciativas en el campo de la lucha contra la contaminación marina accidental y de la oceanografía operacional, y tiene implantado un completo sistema de control, caracterizado por estar diseñado y por tener capacidad para poder actuar sobre unidades de producción de reducido tamaño, por mantener una frecuencia de muestreo muy intensa, por cubrir todas las zonas de producción de la costa gallega, y por controlar todos los grupos de especies sometidos a explotación comercial del marisqueo y de la acuicultura.